Генеральная прокуратура Российской Федерации выявила ряд нарушений, допущенных Федеральной таможенной службой. Они касаются обязательности предоставления в налоговые органы деклараций о доходах служащего, имуществе и обязательствах имущественного характера. Сотрудники Федеральной таможенной службы не представляли этих сведений, а также справок о соблюдении ограничений, связанных с госслужбой. За 2005 год эти документы не предоставили свыше ста сотрудников таможенных органов. Кроме того, в ФТС не проводится конкурсный отбор при поступлении на государственную службу, а администрацией ведомства нарушаются квалификационные требования по уровню образования или стажу работы. Вместе с тем на протяжении ряда лет в ФТС существовала система оказания материальной помощи сотрудникам службы от негосударственного фонда, а юбилейные мероприятия ведомства проводились за счет негосударственных учреждений. При этом их учредители получали значительный приоритет в своей деятельности. Это стало возможно из-за попустительства прежнего руководства ФТС, отсутствия надлежащего контроля за деятельностью таможенных органов. В результате проверки Генеральной прокуратурой внесено представление руководству ФТС об устранении выявленных нарушений законности, привлечении виновных к ответственности, прекращении незаконной практики получения денежных средств от негосударственных структур. В настоящее время Генеральная прокуратура совместно с руководством ФТС принимает необходимые меры по оздоровлению ситуации в Федеральной таможенной службе.